Program zajednički implementiraju dve zemlje. Nadležne institucije u Republici Srbiji su:
• Ministarstvo za evropske integracije Vlade Republike Srbije, nadležna za sveukupnu koordinaciju programa kao Operativna struktura u Srbiji;
• Vlada Republike Srbije, Ministarstvo finansija, Sektor za ugovaranje i finansiranje programa iz sredstava Evropske unije, nadležan za finansiranje, ugovaranje, plaćanje i nadzor nad sprovođenjem programa i projekata Evropske unije kao Ugovorno telo.
U Bosni i Hercegovini nadležna institucija je:
• Direkcija za evropske integracije, odgovorna za sveobuhvatnu koordinaciju programa kao Operativna struktura u Bosni i Hercegovini.
Pored toga sprovođenje programa nadgleda Zajednički nadzorni odbor (ZNO) koji se sastoji od predstavnika institucija i civilnog društva obiju zemalja učesnica. ZNO pregleda i daje svoje mišljenje u kapacitetu savetnika u pogledu liste aktivnosti odabrane u okviru javnog poziva pre donošenje finalne odluke o dodeli nepovratnih sredstava.
Ugovorno telo, operativne structure i ZNO dobijaju tehničku podršku od strane Zajedničkog tehničkog sekretarijata (ZTS) koji je smešten u Užicu, Republika Srbija i koji čini stručno osoblje iz Republike Srbije i Bosne i Hercegovine. ZTS je administrativno telo odgovorno za svakodnevno upravljanje programom uključujući i pružanje podrške i savetovanje potencijalnih aplikanata, odnosno korisnika nepovratnih sredstava. ZTS ima ispostavu/antenu u Tuzli, Bosna i Hercegovina. ZTS pruža podršku potencijalnim aplikantima u traženju partnera i pripremi projektnih predloga putem organizovanja info dana i radionica; uspostavlja i održava mrežu zainteresiranih; savetuje korisnike nepovratnih sredstava tokom realizacije projekata; podržava rad evaluacionog odbora; i priprema, realizuje i izveštava o monitoring posetama prekograničnim projektima.
